Nach dem Studium war sie zunächst am Institut für Schulentwicklungsforschung beschäftigt und wechselte dann zur Friedrich-Schiller-Universität in Jena, an der sie promovierte. Sie arbeitet derzeit am Lehrstuhl für Schulsystementwicklung, der in seiner Arbeit zentrale Themen der Schulpädagogik mit einer bildungssoziologisch orientierten Perspektive auf die Analyse des Schulsystems und Fragen zur demokratischen Weiterentwicklung von Schule verknüpft. In der universitären Lehre vertritt Frau Dr. Berkemeyer im bildungswissenschaftlichen Studium den Schwerpunkt Schulpädagogik.