Als wissenschaftlicher Mitarbeiter, Projektleiter und Privatdozent arbeitet Jan Pfetsch im Fachgebiet Pädagogische Psychologie. Aktuell leitet er unter anderem das Forschungsprojekt Teilprojekt SIKID-Psychologie im Verbundprojekt Sicherheit für Kinder in der digitalen Welt (SIKID).